O Sistema Integrado de Xestión Forestal de Ence conta con instrucións específicas e recomendacións de xestión para especies protexidas. Mediante a aplicación dunha sistemática de identificación e seguimento, o sistema ten en conta as súas particularidades de alimentación, o seu ciclo reprodutivo e os hábitats destas especies silvestres da fauna e da flora.
A través de plans de xestión diferenciados, que inclúen obxectivos e medidas concretas, conséguese incrementar a superficie e a conectividade dos hábitats, mellorar a riqueza florística, reducir a presenza de especies invasoras e fomentar a protección das especies protexidas.
De feito, Ence conta cun total de 275 montes con Hábitats de Interese Comunitario, nos que se atopan 15 especies de flora protexidas en 87 puntos diferentes. Ademais, estas áreas forestais serven de medio para desenvolver outras actividades de aproveitamento sostible dos recursos. Tal é o caso de 11.518 hectáreas sobre as que se realiza pastoreo sostible, os tres montes nos que existe xeración de enerxía eólica ou as producións apícolas que levan a cabo en sete montes grazas á colaboración con produtores locais.
Este tipo de accións atópanse enmarcadas dentro da xestión forestal sostible que realiza a compañía. Proba diso é o compromiso que Ence adquiriu cos territorios nos que opera, materializado nos case 7 millóns de euros que a compañía destinou a tarefas tales como repoboacións, creación e mantemento de pistas e devasas, labores de selvicultura, elaboración de inventarios e pago de rendas e canons.
Así mesmo, como actor de referencia no ámbito da xestión forestal sostible, Ence mantivo un ano máis a súa actuación baseada nos principios da certificación forestal, tanto nas masas xestionadas directamente pola compañía como a través do fomento dos devanditos principios de actuación no caso de masas de terceiros que forman parte da súa cadea de Subministración, utilizando selos recoñecidos como FSC E PEFC, que acreditan o cumprimento de esixentes criterios ambientais. Deste xeito, a compañía conta con máis de 50.000 hectáreas de masas forestais con dobre certificación e logrou promocionar a xestión forestal sostible en preto de 9.595 hectáreas de monte.